基金管理會於辦理基金稽核作業時，為實際瞭解各受查核相關單位所經辦之業務、財務及管理，是否依照作業規定及處理程序執行，而採用實地查核及書面稽核等方法，並以選項或抽樣方式進行查核，謂之。實地稽核係由基金管理會派員就規定之項目及其遵循情形，進行查核與瞭解。 書面稽核係指由受核單位就其定期或不定期所編送之各種基金業務、財務及管理之報表，據以分析查核，並針對異常事項，再進行進一步之查核，以達早期發現潛在缺失與危機，予以積極督促與改進。 基金監理會則就基金管理會按期編送之內部稽核檢查報告、會計月報、年度決算採書面審核方式，若發現重大事項，得指派人員實施專案稽核，以確定該重大事項是否已引發弊端。另於會計年度終了後3個月內亦會對基金管理員會辦理年終稽核。